微生物宏基因组组装检测

参考周期：常规试验7-15工作日，加急试验5个工作日。

注意：因业务调整,暂不接受个人委托测试,望谅解(高校、研究所等性质的个人除外)。

检测项目

序列质量控制：

• 读长过滤：平均读长≥150bp（参照ISO/IEC27001），GC含量偏差±5%
• 错误率检测：碱基错误率≤0.1%（Phred评分Q≥30）
• 重复序列分析：重复率≤10%

• 组装长度：N50值≥10kb（SCG完整性≥95%）
• 覆盖度分析：平均覆盖深度≥50×（基因组覆盖率≥98%）
• 缺口检测：缺口数量≤5个/基因组

• 外源DNA检测：污染占比≤1%（参照NCBI标准）
• 宿主DNA去除：宿主残留率≤0.5%
• 交叉污染分析：样本间交叉率≤0.1%

• 基因注释：KEGG通路覆盖率≥95%（COG数据库匹配率≥90%）
• 酶功能预测：EC号准确率≥98%
• 代谢途径重构：途径完整性≥85%

• 物种丰度：Shannon指数≥3.0（参照Qiime2）
• 群落结构：Bray-Curtis相似度≥0.8
• 稀有物种检测：检出限达0.01%丰度

• 拼接参数：k-mer大小21-31（组装错误率≤0.05%）
• 迭代优化：组装迭代次数≥3次（NGA50提升率≥10%）
• 一致性校验：一致性分数≥0.95

• 碱基错误：插入缺失率≤0.01%
• 组装错误：嵌合体片段≤5/基因组
• 序列偏移：偏移值±2bp

• bin纯度：纯度≥99%（CheckM评估）
• bin完整性：完整性≥90%（单拷贝基因数≥100）
• bin污染度：污染≤1%

• 核心基因集：核心基因率≥80%
• 变异检测：SNP密度≤1/kb
• 水平基因转移：转移事件≤5/基因组

• 参考数据库匹配：匹配率≥95%（如NCBIRefSeq）
• 新基因验证：新基因FDR≤0.05
• 数据存档：FASTA格式合规性100%

检测范围

1.环境土壤样本：涵盖农田、森林等土壤类型，重点检测微生物多样性组装和污染物降解基因

2.水体微生物群：包括淡水、海水样本，侧重组装水生病原体和抗生素抗性基因

3.人体肠道微生物：针对粪便样本，聚焦组装肠道菌群结构和功能性基因组

4.口腔微生物群落：涉及唾液或牙菌斑样本，重点检测组装口腔病原体和共生菌

5.空气微生物组：覆盖室内外空气样本，侧重组装气溶胶传播微生物和过敏原基因

6.发酵物微生物群：如酸奶、酒类样本，聚焦组装发酵菌株和代谢通路

7.极端环境样本：包括高温、高盐环境，重点检测组装嗜极微生物适应性基因

8.植物根际微生物：针对根际土壤样本，侧重组装植物共生菌和营养代谢基因

9.动物微生物组：如皮毛或内脏样本，聚焦组装动物特异性微生物和病原体

10.工业废水微生物：涵盖废水处理样本，重点检测组装降解菌和毒性基因

检测方法

国际标准：

• ISO21748:2017宏基因组数据分析质量控制指南
• ISO29805:2020微生物宏基因组组装完整性评估方法
• EN14975:2018宏基因组污染控制测试规范（如污染阈值设定差异：ISO采用0.5%-1%，EN更严格为0.1%-0.5%）

• GB/T29805-2013微生物宏基因组测序质量控制规范
• GB/T32415-2019宏基因组组装完整性检测方法
• GB/T35401-2017宏基因组功能注释验证标准（方法差异：GB更侧重本地数据库整合，国际标准偏向全球数据库；组装参数GB要求k-mer大小20-30，ISO为21-31）

检测设备

1.高通量测序仪：IlluminaNovaSeq6000（通量达6Tb/run，读长2×150bp）

2.三代测序仪：OxfordNanoporeMinION（读长≥50kb，实时分析功能）

3.长读长测序仪：PacBioSequelII（平均读长10-20kb，准确性≥99%）

4.数据分析工作站：DellPrecision7865（CPU64核，RAM1TB，存储≥500TB）

5.计算集群系统：HPEApollo6500（节点数≥100，并行处理能力）

6.存储服务器：NetAppA800（容量≥2PB，IOPS≥100万）

7.质控仪器：AgilentBioanalyzer2100（片段分析精度±1bp）

8.PCR扩增仪：ThermoFisherQuantStudio7（温控精度±0.1°C）

9.电泳系统：Bio-RadCHEF-DRIII（电压范围0-10V/cm）

10.显微镜系统：ZeissAxioImager2（放大倍数1000×，分辨率0.2μm）

11.离心机：Eppendorf5430R（转速≤15000rpm，温度控制±1°C）

12.纯化装置：QiagenQIAcube（回收率≥95%，杂质残留≤0.1%）

13.温控设备：ThermoScientificForma900（温度范围-20°C至60°C，稳定性±0.5°C）

14.自动化平台：HamiltonSTARlet（移液精度±0.5μL）

15.光谱分析仪：PerkinElmerLambda950（波长范围190-3300nm，精度±0.1nm）

北京中科光析科学技术研究所【简称：中析研究所】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

中析仪器 资质