菌株原始种子基因组测序检测

参考周期：常规试验7-15工作日，加急试验5个工作日。

注意：因业务调整,暂不接受个人委托测试,望谅解(高校、研究所等性质的个人除外)。

检测项目

基因组提取质量评估：

• DNA浓度检测：≥20ng/μl（UV分光光度法，参照ISO 21571）
• 纯度分析：A260/A280比1.8-2.0（A260/A230比≥2.0）

• 平均测序深度：≥30X（覆盖率≥99.5%）
• Q30分值比例：≥85%（Phred质量评分体系）
• Reads长度一致性：150bp±5bp（Illumina平台标准）

• SNPs检测：变异等位频率≥5%，敏感度≥95%（参照GB/T 34796）
• InDels检测：长度1-50bp，检出率≥90%
• 结构变异分析：SV大小≥50bp，准确率≥98%

• N50长度：≥100kb（PacBio平台标准）
• 拼接错误率：≤0.1%（比对参考基因组）
• Contig数量：≤500个（基因组完整性指标）

• 基因预测准确率：≥95%（BLAST e-value≤1e-10）
• 功能富集分析：GO/KEGG注释完整性≥90%

• 外源DNA比例：≤0.5%（kraken2分析）
• 宿主残留检测：无检出（针对纯培养样本）

• 重复序列比例：报告百分比（RepeatMasker工具）
• 转座子检测：数量统计（≥95%覆盖率）

• 16S rRNA一致性：≥99%（针对细菌菌株）
• 多基因座序列分型：MLST分型准确率≥98%

• RAW数据格式：FASTQ压缩比≥80%
• 结果输出：VCF/BED格式标准

• 生物安全合规：符合生物风险等级要求
• 数据隐私加密：AES-256标准

检测范围

1. 革兰氏阳性细菌菌株： 涵盖枯草芽孢杆菌等，重点检测孢子形成基因和抗生素抗性位点，确保基因组稳定性。

2. 革兰氏阴性细菌菌株： 如大肠杆菌，侧重毒力因子基因和代谢途径分析，评估致病风险。

3. 酵母菌株： 包括酿酒酵母，关注发酵相关基因簇和染色体结构变异，强调功能注释完整性。

4. 丝状真菌菌株： 如曲霉属，检测次级代谢产物基因簇和产毒基因区域，侧重组装质量。

5. 放线菌菌株： 如链霉菌，用于抗生素生产，重点分析生物合成基因岛和启动子序列。

6. 乳酸菌菌株： 应用于发酵食品，检测益生功能基因和质粒稳定性，强调污染监测。

7. 古菌菌株： 如产甲烷菌，侧重极端环境适应基因和代谢网络，评估组装准确性。

8. 工程改造菌株： 如转基因大肠杆菌，检测外源基因插入位点和表达调控元件，确保合规性。

9. 环境样本分离菌株： 从土壤或水体提取，分析多样性基因和污染物降解通路，关注变异检测。

10. 临床病原菌株： 如金黄色葡萄球菌，重点检测耐药基因和毒力因子，强调功能验证。

检测方法

国际标准：

• ISO 20395:2019 Biotechnology - Requirements for evaluating the performance of sequencing methods（涵盖测序深度和误差控制）
• ISO 21571:2005 Foodstuffs - Methods of analysis for the detection of genetically modified organisms（DNA提取纯度标准）
• ISO/IEC 17025:2017 General requirements for the competence of testing and calibration laboratories（数据完整性框架）

• GB/T 34796-2017 高通量测序方法通则（测序参数要求，如覆盖率≥99.5%，与国际标准深度阈值差异）
• GB 4789.2-2016 食品微生物学检验方法（样本处理规范，侧重污染控制，与国际ISO 21571纯度方法兼容）
• GB/T 35537-2017 生物样本DNA提取技术通则（浓度检测标准，参数与国际一致）

检测设备

1. 高通量测序仪： Illumina NovaSeq 6000（通量6Tb/run，读长2x150bp）

2. 第三代测序仪： PacBio Sequel II（读长≥10kb，准确率99.9%）

3. DNA提取工作站： QIAcube HT（样本容量96孔，纯度检测精度±0.01）

4. 生物分析仪： Agilent 2100 Bioanalyzer（DNA片段大小50-7000bp，分辨率±5bp）

5. 荧光定量仪： Thermo Fisher Qubit 4.0（检测限≥10pg/μl，线性范围0.1-1000ng/μl）

6. PCR扩增仪： Bio-Rad T100（温度精度±0.1°C，升降温速率4°C/s）

7. 高速离心机： Eppendorf 5424 R（最大转速15000rpm，容量24x1.5ml）

8. 超低温储存设备： Thermo Scientific -80°C冰箱（温度稳定性±1°C，容量700L）

9. 生物安全操作柜： ESCO Class II A2（风速0.5m/s，HEPA过滤效率99.99%）

10. 数据分析服务器： Dell PowerEdge R740（内存512GB，存储容量100TB，处理速度5GHz）

11. 电泳系统： Bio-Rad CHEF-DR III（电压范围10-200V，分辨率1bp-10Mb）

12. 核酸浓度检测仪： NanoDrop One（波长范围190-840nm，精度±2%）

13. 自动化液体处理系统： Tecan Freedom EVO（移液精度±0.5μl，通量384孔）

14. 恒温培养箱： Memmert IN110（温度范围-10°C至100°C，均匀度±0.3°C）

15. 显微镜系统： Olympus BX53（放大倍数1000X，分辨率0.2μm）

北京中科光析科学技术研究所【简称：中析研究所】

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

中析仪器 资质